Изначально старинное имение на холме в пригороде Вильнюса Маркучай принадлежало литовской знати. Это была одна из их летних резиденций. В 19 веке ее купил русский инженер Алексей Петрович Мельников, который руководил строительством железной дороги Петербург-Вильнюс. Имение он подарил своей дочери Варваре Мельниковой, ставшей впоследствии женой сына Александра Пушкина — Григория.
В Вильно семья Григория Пушкина приезжала на лето, а зимой жила в родовом имении — в селе Михайловское Псковской губернии. После продажи имения в Михайловском Российской Академии, Григорий и Варвара Пушкины в 1899 году навсегда переехали жить в Маркучай. Здесь они провели остаток жизни и были похоронены возле часовни, построенной Григорием.
Еще при жизни сноха великого русского поэта постаралась оформить внутреннее убранство имения в Маркучай в стиле интерьеров усадьбы в Михайловском. Камин, печи и некоторая мебель в Маркучай были сделаны по копиям родового поместья Пушкиных.
Оттуда же были привезены и некоторые уникальные вещи, принадлежавшие лично Александру Пушкину. Дом в Маркучай еще при жизни Варвары и Григория можно было считать музеем великого поэта. А в 1948 здесь уже официально открыли Литературный музей, в котором собрано более 8 тысяч подлинных экспонатов.