Первая литовская школа открылась в Москве 1 сентября 1992 года. Она располагалась в помещении Посольства республики и была рассчитана на несколько десятков учеников.
Уже через пару лет, слава о школе разлетелась по всей России. Классы не могли вместить всех желающих. Чтобы решить эту проблему — школе передали в эксплуатацию здание детского сада, стоящее неподалеку. А в 1994 году учебное заведение получило государственный статус и новое название — "Шальтинелис", что в переводе с литовского означает "Родничок".
В 2005 году для литовской школы возвели новое здание по оригинальному проекту. А 15 ноября того же года, распоряжением мэра Москвы, школе было присвоено имя поэта-символиста Юргиса Балтрушайтиса.
