Первая Красная книга Литвы была издана в 1976 году, она включала в себя 41 вид птиц и 30 видов высших растений. Второе издание вышло уже в независимой Литовской Республике в 1992 году — в нём был описан 501 вид растений, животных и грибов.
Обновленный список видов требующих защиты был подготовлен в 2003 году специальной комиссией под руководством директора Института экологии Вильнюсского университета Мечислова Жалакявичюса. Он включает 815 видов, среди которых — 75 видов птиц, 23 вида млекопитающих, 128 видов насекомых, 224 вида сосудистых растений, 199 видов грибов и лишайников. Были введены категории для исчезнувших и восстановленных видов.
Последнее на 2016 год издание было представлено 19 июня 2007 года в Вяркяйском дворце Институтом ботаники Литовской Академии наук.
Иллюстрированная книга с почти восемью сотнями страниц была подготовлена коллективом из 57 учёных и натуралистов, работавших под эгидой Министерства охраны окружающей среды Литвы.
В книгу вошли 766 видов, в числе которых 23 вида млекопитающих, 80 видов птиц, 123 вида насекомых, 220 видов цветковых растений, 93 вида мхов, 112 видов грибов, 63 вида лишайников и т. д.
